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2023. 7. 수해 피해 실종자 수색작전 중 해병대 채해병 사망사건이 발생하였고 이를 수사한 해병대 수사단장 박정훈 대령이 대통령실, 국방부 등으로부터 수사 외압을 받았다고 증언하면서, 윤석열 등의 지시에 의한 대통령실 차원의 조직적 수사 개입 문제가 제기되어 국회에서 이에 대해 특별검사법안(이하 “채해병 특검법”이라 한다)을 의결하였으나, 윤석열은 이를 막기 위해 반복적으로 거부권을 행사하였다. 윤석열 대통령은 채해병 특검법에 대하여 세 차례에 걸쳐 대통령으로서 다음과 같이 법률안 거부권을 행사하였다.
첫 번째 채해병 특검법인 ｢순직 해병 진상규명 방해 및 사건 은폐 등의 진상규명을 위한 특별검사의 임명 등에 관한 법률안｣은 2023. 9. 7. 발의되어, 2024. 5. 2. 국회 본회의에서 가결되었다. 윤석열은 2024. 5. 21. 여야 합의 없이 강행 처리하여 헌법상 삼권분립 원칙에 위반되고, 특별검사 제도의 보충성ㆍ예외성의 원칙에 위반하며, 정치적 중립성과 공정성을 담보하기 어렵다는 등의 사유로 거부권을 행사하였으며, 2024. 5. 28. 본회의에서 재의결하였으나 부결되었다. 이 과정에서 피소추자는 2024. 5. 21. 국무총리로서 제22회 국무회의를 주재하고 ‘순직 해병 수사 방해 및 사건 은폐 등의 진상규명을 위한 특별검사의 임명 등에 관한 법률안 재의요구안’을 의결하였고, 윤석열은 대통령으로서 이를 재가하였다.
